Semenjak tercetusnya krisis pencerobohan di Lahad Datu sehinggalah pertempuran demi pertempuran yang berlaku di sana, ada sahaja rintangan yang terpaksa diharungi oleh pasukan keselamatan kita. Sekurang-kurangnya ada tiga cabaran utama yang terpaksa kita hadapi sepanjang tempoh genting ini.
1- Tentangan dari pengganas Sulu yang mahir dalam peperangan bercorak gerila dan mirip kelakuannya seperti komunis yang gemar menggunakan pendekatan ganas bermatlamat untuk menjatuhkan moral dan semangat tempur lawan mereka. Ini jelas dapat dilihat selepas dua pertempuran awal yang menyaksikan beberapa anggota keselamatan kita ada antaranya diseksa dan dizalimi, sementara yang lain ada yang dipenggal kepalanya.
Keadaan ini amat memilukan kaum keluarga perajurit yang terkorban dan sedikit mengganggu emosi anggota keselamatan yang lain, namun pengalaman berdepan dengan kekejaman komunis suatu ketika dulu mengajar kita erti keteguhan semangat dalam meneruskan perjuangan yang belum selesai.
2 - Cabaran yang tidak kurang hebatnya datang dari media luar negara yang banyak menyiarkan maklumat propaganda menyebelahi kumpulan pengganas Sulu. Mereka bukan sahaja cuba membenarkan tuntutan hak milik ke atas Sabah, malah memanfaatkan media-media tersebut dimanfaatkan sepenuhnya untuk membangkitkan ketakutan di kalangan rakyat Malaysia khususnya di Sabah. Lebih mengeruhkan keadaan apabila ada di kalangan pengamal media elektronik dalam negara yang turut menjadi penyambung lidah kepada propaganda Jamalul Kiram dan kuncu-kuncunya sehingga menimbulkan keraguan segelintir khalayak terhadap kemampuan pasukan keselamatan kita dalam menangani isu ini.
3 -Cabaran paling getir yang perlu dihadapi bila mana wujudnya segelintir rakyat kita yang langsung tidak memiliki semangat patriotik telah cuba memperlekehkan kesahihan peristiwa Lahad Datu yang digambarkan oleh mereka ini kononnya ia adalah sandiwara atau konspirasi yang di ada-adakan. Selain itu, golongan yang tidak patriotik ini juga turut meremehkan nyawa anggota keselamatan kita yang telah terkorban di masa yang sama mereka juga mempersendakan kemampuan pasukan keselamatan kita untuk berdepan dengan tentangan pengganas Sulu.